Reiki a fost descoperit şi elaborat de catre Dr. Mikao Usui, care a fost şi calugar budist. Dr. Usui s-a nascut in Japonia la 15 august 1865 in satucul Taniai din prefectura Yamagata situata in provincia Gifu, aproape de Nagoya. Pentru ca Dr Mikao Usui a calatorit şi studiat mult s-ar putea crede ca el se tragea dintr-o familie instarita. Deşi aceasta era o situatie frecventa in Japonia, astfel de supozitii nu au fost confirmate. Studiile şi calatoriile intreprinse de Dr. Usui se asemanau mult cu cele ale unui calugar aflat in pelerinaj, in care hotaratoare erau mai curand initiativele personale, flexibilitatea si spiritualitatea sa decat starea materiala. Ştim cu certitudine ca, in tinerete, el studiase Ki ko la templul budist din Tendai pe muntele sacru Kurama, la nord de Kyoto. Ki Ko este versiunea japoneza a Qi Gong-ului, o disciplina care permite ameliorarea sanatatii prin meditatie, exercitii respiratorii şi mişcari foarte lente. Aceasta practica se bazeaza pe dezvoltarea şi utilizarea energiei Ki, energia vietii, şi cuprinde metode de vindecare prin aplicarea mainilor.

Ki Ko presupune crearea şi stocarea prin exercitii, in corpul practicantului, a unei rezerve de energie, inainte de a o folosi la vindecare. Cel care practica metoda Ki Ko risca totodata epuizarea acestei energii deoarece, in timpul tratamentului, energia individuala poate fi epuizata complet prin transfer. Inca de atunci, tanarul Usui se intreba daca exista o maniera de vindecare care sa nu necesite stocarea prealabila a acestei energii, pe care sa o poata transfera integral pacientului fara sa o epuizeze. Era vorba de o interogatie esentiala care a incoltit in spiritul tanarului Usui; o samanta care a germinat şi a crescut neobservata şi care brusc avea sa rodeasca mai tarziu in timpul vietii intr-o maniera mai profunda.

Setea sa de cunoaştere l-a indemnat pe Sensei Usui sa calatoreasca in Japonia, China şi in toata Europa. El intentiona sa cunoasca şi sa studieze numeroase discipline, inclusiv medicina, psihologia, religia şi dezvoltarea spirituala. Gratie capacitatilor sale psihice deosebite, a fost admis in sanul unei grupari metafizice numita Rei Jyutu Ka, unde şi-a facut ucenicia spirituala. Interesul sau arzator şi constant pentru dobandirea de cunoştinte i-a permis sa elaboreze bazele a ceea avea sa-i permita intelegerea sensului imensei fericiri ce avea sa o cunoasca in anii urmatori.                                             

O lunga perioada şi-a condus afacerile cu succes. In 1914, face o mişcare greşita in afaceri, fapt care-i schimba radical cursul vietii. Avand unele cunoştinte de Budism, se decide sa devina calugar budist. Işi focalizeaza spiritul prin rugaciune şi practica intens. Se reintoarce, in cele din urma, pe muntele Kurama, acolo unde studiase pe cand era copil. La un moment dat, se decide sa se retraga pentru 21 de zile pe acest munte, in singuratate  In tot acest timp işi petrece zilele postind, cantand, rugandu-se şi meditand. Una dintre meditatii pe care, fara inoiala, a practicat-o consta in a sta sub o cascada minuscula lasand şuvoiul de apa sa i se scurga pe creştet. Astazi, aceasta meditatie este practicata mereu pe muntele Kurama! Scopul ei este de a purifica şi deschide chakra coroanei.

Spre sfarşitul recluziunii sale, in martie 1922, un flux puternic de lumina spirituala il patrunde prin creştet. Traise un satori! Aceasta lumina era energia Reiki venind spre el sub forma unei initieri. Atunci, conştiinta i se trezi şi intelese ca o putere enorma era pe cale sa-l invadeze. In aceasta putere el recunoaşte energia pe care o dorise atunci cand, in copilarie, studia vindecarea pe muntele Kurama. Il cuprinse o bucurie imensa; ştia deja ca ar putea sa vindece pe altii fara sa-şi diminueze propria energie.

Sensei Usui incepe sa foloseasca Reiki, mai intai pentru autotratament, apoi şi asupra membrilor familiei. In aprilie 1922 se stabileşte la Tokyo unde infiinteaza un centru de vindecare pe care-l numeşte "Usui Reiki Ryoho Gakkai" (in traducere "Centrul de vindecare Reiki Usui"). Mai infiinteaza un cabinet de tratament la Harajuku, Aoyam, aproape de sanctuarul Meiji, in centrul oraşului Tokyo. In acea vreme incepe sa instruiasca elevi şi sa faca tratamente Reiki.

Ulterior, Usui şi-a dezvoltat sistemul de invatare Reiki in 6 nivele sau grade (dupa Fumio Ogawa). Numerotarea gradelor era inversa fata de sistemul din Occident: numarul 6 era atribuit primului nivel, iar numarul 1 - nivelului cel mai inalt. (Primele 4 nivele, adica 6 - 3, corespundeau la ceea ce Dna Takata preda sub denumirea de Reiki 1. Ea a combinat cele 4 grade intr-un nivel unic. Din acest motiv Dna Takata facea 4 initieri pentru nivelul 1, dupa sistemul sau, şi cate o initiere pentru fiecare din celelalte 2 nivele).

Primele 4 nivele erau numite Shoden (Prima Invatatura); al 5-lea nivel era numit Okuden sau Invatatura interioara, care se diviza in Okuden Zenki (prima jumatate) şi Okuden Koki (jumatatea a 2-a). Nivelul corespunzator gradului de maestru se numea Shinpiden, sau Invatatura Misterioasa.

Merita de notat faptul ca Sensei Usui nu folosea termenul de "maestru", care, de altfel, nu mai era folosit deloc in Japonia. Hawayo Takata a fost cea care a creat acest titlu cand a inceput sa transmita nivelul Shinpiden in 1970. Ar fi fost mai intelept sa nu foloseasca termenul de "maestru", intrucat se ştia ca acest titlu era rezervat unei persoane care a primit iluminarea, performanta spirituala pe care putini oameni de pe planeta au reuşit sa o atinga. Nivelul Shinpiden din Reiki poate fi transmis elevului fara ca acesta sa fi primit iluminarea sau sa fi realizat o dezvoltare spirituala la acelaşi nivel ca maestrul sau. In afara de aceasta, unii studenti doreau sa devina maeştri Reiki mai mult de dragul statutului conferit de acest titlu decat pentru capacitatea de a transmite Reiki altor oameni.

Pe cand Sensei Usui continua sa tina cursuri de Reiki şi sa faca tratamente la centrul de ingrijire din Tokyo, in 1923 pacea şi armonia din tara au fost spulberate de cel mai teribil şi devastator cutremur din cate au lovit Japonia, cand au murit peste 140000 de oameni. S-au prabuşit mii de case şi imobile şi multe altele au fost distruse de flacari. Mii de persoane s-au refugiat pe strazi şi mai multe au fost ranite sau au fost afectate fizic (psihic?). Aproape toti cei loviti de cutremur erau traumatizati şi se aflau in stare de şoc. Nevoia de Reiki a devenit extrem de acuta. Sensei Usui şi elevii sai trudeau zi ai noapte pentru a ajuta cat mai multi sinistrati. In 1925 a deschis un centru mai mare de tratament la Nakano, Tokyo. Pentru a raspandi cuvantul şi invataturile Reiki precum şi metoda de tratament, Usui a inceput sa calatoreasca in toata Japonia. Dupa cutremurul din 1923 nevoia de vindecare a persistat inca multi ani. In aceasta perioada Sensei Usui a transmis ideile şi metoda Reiki la peste doua mii de practicanti şi a instruit şi initiat 16 profesori Reiki. Pentru ajutorul acordat populatiei, guvernul japonez i-a decernat ordinul Kun San To, ca recompensa pentru meritoase servicii aduse concentatenilor.

Sensei Usui nu dorea ca Reiki sa devina o practica rezervata exclusiv unei elite şi nici sa fie controlata sau limitata in vreun fel. El avea credinta ca Reiki ar trebui impartaşit tuturor oamenilor şi raspandit in lumea intreaga. El considera Reiki ca o modalitate pentru fiecare om sa vina in contact cu sfera Divina, considerand ca oamenii ar fi, astfel, mai inclinati sa coopereze pentru a fauri o lume mai buna.

Sensei Usui a incetat din viata la 6 martie 1926 in urma unui atac cerebral in timp ce tinea un curs de Reiki la Fukuyama. A fost inmormantat in Templul din Saihoji din cartierul Suginami-Ku, Tokyo. Dupa moartea sa, studentii au ridicat o stela funerara langa mormantul sau pe care au gravat inscriptii cu detalii din viata şi opera sa referitoare la Reiki

Astfel, ansamblul de informatii despre Reiki pe care D-na Takata il transmitea elevilor sai s-ar fi cuvenit, din ratiuni de claritate, sa fie numit mai curand "Takata Reiki". Taxa ridicata perceputa pentru instruirea şi initierea la nivelul de Maestru avea avantajul de a insufla un respect sporit fata de Reiki. Totuşi, nu toata lumea impartaşea aceasta parere. Unii considerau ca era vorba de un mijloc artificial de impunere a respectului şi ca prin pretul ridicat nu era acordat nici un merit Reiki-ului pentru puterea de vindecare şi celelalte binefaceri pe care le confera aceasta practica. In realitate, un pret prohibitiv impiedica accesul multor persoane doritoare, ceea ce franeaza şi raspandirea Reiki-ului. Acest fapt contravine dorintei Dr-lui Usui: el spera ca Reiki-ul sa fie la indemana oricui şi nu rezervat unei categorii privilegiate; Reiki trebuia sa se raspandeasca in intreaga lume Dupa moartea D-nei Hawayo Takata, unul dintre cei 22 de maeştri Reiki initiati de ea s-a decis sa incalce regula stabilita şi sa-şi urmeze "ghidarea interioara". Astfel, Iris Ishikura a inceput sa fixeze un pret scazut pentru nivelul de maestru, iar in unele cazuri ea instruia gratuit. Astfel, la finele anilor 80, cateva sute de maeştri Reiki pretindeau onorarii modice. Numarul maeştrilor a crescut rapid. In prezent, preturile pentru nivelul de maestru raman scazute. Aceasta este regula. Putini maeştri Reiki impun taxe de instruire (la nivel de maestru) de pana la 10.000 $.Cred ca cei care invata Reiki sunt indrumati catre maestrul care li se potriveşte. Din acest motiv, pretul cerut de profesor este exact pretul pe care trebuie sa-l plateasca elevul. Cei care au platit 10.000 $ pentru gradul de maestru trebuiau sa plateasca aceasta suma, iar cei care au platit mai putin, trebuiau sa plateasca o suma mai mica. Fiecare profesor Reiki are dreptul sa fixeze pretul pe care-l considera corect sau chiar sa instruiasca gratuit. Faptul ca trebuie platita o taxa pentru instruirea Reiki nu influenteaza calitatea nivelului transmis şi, respectiv, asimilat. Dupa cum s-a vazut deja, Dna Hawayo Takata cerea o suma ridicata pentru un curs de instruire de 2 zile. Prin comparatie, unii profesori de Reiki impun un stagiu de formare a maestrilor mai lung şi solicita un pret mai mic decat cel al Dnei Hawayo Takata